En 2089, Elizabeth Shaw et son compagnon Charlie Holloway font une étrange découverte. Un pictogramme apparait sur plusieurs vestiges de civilisations disparues, qu'elles soient aztèques, mésopotamiennes ou préhistoriques. Ils comprennent très vite que ce symbole montrant un humanoïde levant sa main vers six étoiles est en réalité une carte de l'espace. Elizabeth est alors persuadée qu'il s'agit d'une invitation des créateurs de la l'humanité, théorie corroborée par les traces laissées par leurs créateurs et retrouvées en Afrique trente ans plus tôt.
Grâce à la société Weyland, une expédition est organisée, une expédition de 17 personnes dirigée par Meredith Vickers et qui conduira Elizabeth Shaw jusqu'au système solaire de Zeta Reticuli, sur la planète LV-426.
Le voyage dure deux ans à bord du Prometheus, et en 2091, David, un androïde, réveille l'équipage encore en hyper-sommeil. Peter Weyland, resté sur Terre, leur apparait alors sous forme d'hologramme pour leur ré-exposer leur mission. Ils doivent ramener de LV-426, un spécimen de forme inconnu. Une fois le Prometheus posé sur LV-426, l'équipage part donc en reconnaissance, seulement, il va découvrir quelque chose qui pourrait bien changer leur destin, et celui de la Terre entière ...
Il y a maintenant plus de dix ans que le monde a explosé. Personne ne sait ce qui s'est passé. Ceux qui ont survécu se souviennent d'un gigantesque éclair aveuglant, et puis plus rien. Plus d'énergie, plus de végétation, plus de nourriture... Les derniers survivants rôdent dans un monde dévasté et couvert de cendre qui n'est plus que l'ombre de ce qu'il fut. C'est dans ce décor d'apocalypse qu'un père et son fils errent en poussant devant eux un caddie rempli d'objets hétéroclites - le peu qu'ils ont pu sauver et qu'ils doivent protéger. Ils sont sur leurs gardes, le danger guette. L'humanité est retournée à la barbarie. Alors qu'ils suivent une ancienne autoroute menant vers l'océan, le père se souvient de sa femme et le jeune garçon découvre les restes de ce qui fut la civilisation. Durant leur périple, ils vont faire des
rencontres dangereuses et fascinantes. Même si le père n'a ni but ni espoir, il s'efforce de rester debout pour celui qui est désormais son seul univers.
A New York, en 1899, Alexander Hartdegen, un brillant physicien de l'Université de Columbia, fait la connaissance d'Emma, une charmante demoiselle dont il tombe follement amoureux. Un soir, dans Central Park, il trouve le courage de lui déclarer sa flamme et de lui offrir une bague de fiançailles. Un voleur tente alors de dérober le fameux bijou, mais Emma ne se laisse pas faire. Un coup de feu retentit, la malheureuse s'effondre et meurt dans les bras d'Alexander.
Refusant cette triste fatalité, celui-ci consacre tout son savoir et toute son énergie à construire une machine à explorer le temps afin d'altérer le cours des événements et ainsi sauver la vie de sa bien-aimée. Alexander embarque à l'insu de tous pour ce voyage de la dernière chance et se voit bientôt propulsé dans le XXIe siècle.